Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones

con prestaciones para compuestos químicos, cristales, materiales y biomoléculas

Jmol es una miniaplicación (applet) interactiva para el navegador web.

Aquí se ve una imagen estática, pero puedes obtener una representación animada de las prestaciones de Jmol haciendo clic aquí.

(La miniaplicación puede tardar algunos segundos en cargarse. Por favor, espera y no recargues la página mientras tanto.)

Resumen

Jmol es un visor de moléculas gratuito y de código abierto para estudiantes, profesores e investigadores en química y bioquímica. Es multiplataforma, compatible con sistemas Windows, Mac OS X y Linux/Unix.

JmolApplet es una miniaplicación para el navegador web que puede integrarse en páginas web.
La aplicación Jmol es un programa autónomo en Java que funciona localmente en el ordenador, fuera del navegador.
JmolViewer es un conjunto de herramientas de desarrollo que se puede integrar en otros programas Java.

Cómo citar Jmol

La forma recomendada de citar Jmol es:
Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones. http://www.jmol.org/

Recuerda usar siempre 'J' mayúscula y 'mol' en minúsculas. (explicación).

Si lo prefieres, hay una lista de artículos que describen Jmol en la Wiki de Jmol.

Qué puede hacer Jmol

Ejemplos

Visita la sección Pantallas (imágenes estáticas) para ver ejemplos de lo que se puede hacer con Jmol
y las páginas de demostración para ver cómo funcionan los botones y los menús (miniaplicación interactiva).

Prestaciones de Jmol

Software gratuito y de código abierto autorizado bajo la GNU Lesser General Public License

Miniaplicación (applet), aplicación y componente para la integración en sistemas

JmolApplet es una miniaplicación para el navegador web que puede integrarse en páginas web. Es ideal para el desarrollo de material docente a través de la web y para bases de datos químicas accesibles por internet. La miniaplicación JmolApplet proporciona una vía de actualización para los usuarios del conector Chime.

La aplicación Jmol es un programa autónomo que se ejecuta localmente en el ordenador.

JmolViewer puede integrarse como un componente dentro de otros programas Java.

Multi-idioma

Traducido a numerosos idiomas: alemán (de), catalán (ca), checo (cs), coreano (ko), danés (da), español (es), estonio (et), francés (fr), holandés (nl), húngaro (hu), italiano (it), noruego Bokmal (nb), polaco (pl), portugués (pt), portugués de Brasil (pt_BR), ruso (ru), sueco (sv), turco (tr) (además del inglés nativo, en-US).

Adopta automáticamente el idioma del sistema operativo del usuario, si está entre las traducciones disponibles. Puedes cambiarlo a otro si quieres.

Para información actualizada o instrucciones para añadir tu idioma, visita la Wiki.

Multiplataforma

Windows

Mac OS X

Linux / Unix

Compatible con los principales navegadores

Internet Explorer (Win32)

Mozilla o Firefox (Win32, OSX, *nix)

Safari (Mac OS X)

Opera 7.5.4 (sólo en Win32)

Konqueror (Linux)

IceWeasel (Linux)

...

Representación gráfica tridimensional de alto rendimiento sin requisitos de hardware

Formatos de archivo (véase también la sección file formats de la Wiki de Jmol):

CIF/mmCIF - Crystallographic Information File and Macromolecular Crystallographic Information File, formatos estándar de la Unión Internacional de Cristalografía

CML - Chemical Markup Language (lenguage químico de marcado)

CSF - estructura química de Fujitsu CAChe, ahora Fujitsu Sygress

CTFile - Tabla química de Elsevier MDL

GAMESS - General Atomic and Molecular Electronic Structure System output, Gordon Research Group, Iowa State University

Gaussian 94/98/03 formato de salida - Gaussian, Inc.

Ghemical

HIN - HyperChem de Hypercube, Inc.

Jaguar - Schrodinger, LLC

MM1GP - Ghemical, mecánica molecular

MOL - estructura, de Elsevier MDL

MOLPRO - formato de salida de Molpro

MOPAC - formato de salida de MOPAC 93/97/2002 (dominio público)
- MOPAC 2007 (v.7.101) formato de salida graphf (archivos .mgf) (public domain)

NWCHEM - formato de salida de NWChem, Pacific Northwest National Laboratory

odydata - datos de Odyssey, WaveFunction, Inc.

PDB - Protein Data Bank, Research Collaboratory for Structural Bioinformatics

QOUT - Q-Chem, Inc.

SDF - estructura de Elsevier MDL

SHELX - Structural Chemistry Department, University of Göttingen (Germany)

SMOL - datos de Spartan, Wavefunction, Inc.

spinput - Spartan data, Wavefunction, Inc.

xodydata - datos XML de Odyssey, WaveFunction, Inc.

XYZ - archivo XMol de Minnesota Supercomputer Institute

XYZ+vib -formato XYZ con información de vectores de vibración

XYZ-FAH - archivo XYZ de Folding@home

* Los archivos comprimidos con gzip se descomprimen automáticamente

Animaciones

Vibraciones

Respaldo básico para la celdilla unidad y operaciones de simetría

Formas esquemáticas para las estructuras secundarias de biomoléculas

Mediciones

distancia

ángulo

ángulo de torsión o diedro

Compatibilidad con el lenguaje de instrucciones de RasMol/Chime

Biblioteca de apoyo en JavaScript

Exporta a .jpg, .png, .ppm, .pdf y PovRay

Para más detalles, consulta el historial de desarrollo.

¿Qué dice la crítica?

Jmol v10: ¡no puedo creer que sea Java!
Y también es código abierto, así que no hay nada que objetar.
Consiga su copia ahora, antes de que se agoten esas máquinas virtuales Java.
¡Justo a tiempo para Navidad, por lo que he oído!
Warren L. DeLano, shell-shocked C/Python developer
Principal Scientist, DeLano Scientific, Autor de PyMOL
Diciembre de 2004.

Consigue Jmol

Jmol v. 11.4 es la última versión oficial y estable.
Puedes conseguir también versiones preliminares, que están en desarrollo para ampliar la funcionalidad (versiones con número impar como 11.1, 11.3, 11.5)

Puedes conseguir tanto la versión oficial como las preliminares en la página de descargas.

Al ser un archivo .jar, la aplicación Jmol se mostrará con un icono de Java. Si quieres que se muestre un icono de Jmol, puedes conseguir uno en la Wiki de Jmol.

Aprende a usar Jmol

Manuales y guías

Se ha publicado un manual para aprender Jmol y hay también otras publicaciones acerca de Jmol.

Hay también una lista de guías diseñadas para aprender a usar Jmol, y más ayudas, en la Wiki de Jmol.

Por último, hay una sección de documentación en esta misma sede web, con detalles más técnicos.

Aprende con ejemplos

También puedes aprender examinando páginas web que utilizan Jmol: páginas de demostración en esta sede web y una lista de sitios web que usan Jmol dentro de la Wiki de Jmol.

Comunidad de Jmol

Wiki de Jmol

Un sitio mantenido por los propios usuarios donde se recopila un montón de información sobre el uso de Jmol. ¡Más dinámico y actualizado con más frecuencia que esta sede web! -- visita la Wiki de Jmol

Listas de difusión por correo

Animamos a las personas interesadas en la visualización molecular, en especial en las comunidades educativa y de investigación, a que se apunten a la lista de correo jmol-users o incluso a la lista de correo jmol-developers. Alli podrán intercambiar ideas y experiencias, solicitar ayuda, aportar comentarios y sugerencias, solicitar nuevas prestaciones o cambios, discutir la implementación, enviar parches o aportar código.

Sin suscribirte a ninguna lista puedes igualmente buscar en los archivos que recopilan todos los mensajes enviados a las listas.

Para más información, visita la sección Páginas del proyecto.